O clima do Alto São Francisco é úmido e subúmido com chuvas de verão e ausentes no inverno. As chuvas no Alto São Francisco variam de 800 a 1.500 mm. A temperatura é de 23ºC.
Nessa região, o clima é subúmido seco e semi-árido, com chuvas no verão e inverno seco. As chuvas medem anualmente entre 600 mm e 1.200 mm, sendo a temperatura média, de 24ºC.
O Sub-Médio é a região mais árida do Vale do São Francisco, classificando-se de árido e semi-árido, com precipitações muito irregulares entre 350 a 600 mm, sendo a temperatura média, em torno de 26,5ºC.
O clima do Baixo São Francisco vai de semi-árido a subúmido, variando as chuvas de 460 a 1.300 mm, sendo a temperatura média de 26ºC.
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