A Bacia do São Francisco dispõe de variada cobertura vegetal, sendo as mais significativas, os cerrados e a caatinga. Além dessas, possui áreas de mata, nas zonas úmidas, e de mata caducifólia, em regiões de boa precipitação e solos profundos e férteis, como exemplo, os vales dos rios Carinhanhas, Corrente e Grande na Bahia, e do Verde Grande, na Bahia e Minas Gerais. Nessas matas, a vegetação é alta, densa e com espécies da chamada madeira de lei. Nos solos de cerrado não se encontram madeiras de lei. Há também no São Francisco uma formação vegetal própria de terrenos alagadiços, cujas espécies, na grande maioria, tem frutos ou sementes que fazem parte da alimentação dos peixes de água doce.
Nas veredas e marimbus, as matas de galeria fazem sobressair planta não só belas, como de múltiplas utilidades, à exemplo do buriti.
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